Разящий меч нового Синсэнгуми

Семнадцатилетний Шиничи Кудо обладает развитыми дедуктивными способностями, что принесло ему репутацию талантливого подростка. Во время возвращения домой с подругой детства Ран Мори он становится случайным свидетелем незаконной деятельности членов преступной группировки. Замеченный преступниками, Шиничи оказывается в их власти. Ему насильственно дают принять неизвестное лекарство, после чего он теряет сознание.

Придя в себя, Кудо обнаруживает, что его тело физически уменьшилось до размеров семилетнего ребенка. Столкнувшись с этой трансформацией, его первоочередной задачей становится сокрытие от преследующих его мафиози. Чтобы затеряться, он под вымышленным именем Эдогавы Конан обращается за помощью к Ран Мори и селится в ее доме. Там он знакомится с ее отцом, Когоро Мори, который владеет небольшим детективным агентством.

Несмотря на физические изменения, интеллектуальные способности Шиничи остаются прежними. Используя положение ребенка и доступ к делам агентства Мори, он начинает тайно участвовать в расследованиях различных преступлений. Параллельно Кудо ведет собственное расследование с целью выяснить природу принятого препарата и найти способ вернуть себе первоначальный облик.