Снова воины-марионетки Джей

Семнадцатилетний Шиничи Кудо обладает развитыми дедуктивными способностями, за что получил прозвище "современный Шерлок". Однажды, возвращаясь домой с подругой детства Ран Мори, он становится свидетелем незаконной сделки членов криминальной организации. Преступники замечают его, насильно дают принять экспериментальную таблетку, после чего Шиничи теряет сознание.

Придя в себя, Кудо обнаруживает, что его тело уменьшилось до размеров семилетнего ребенка. Чтобы скрыться от преследования мафиози, он принимает решение изменить внешность и имя. Под видом дальнего родственника он селится в доме Ран, представляясь как Конан Эдогава. Отец Ран, Когоро Мори, владеет небольшим детективным агентством, что предоставляет Конану доступ к расследованиям.

Используя свои сохранившиеся аналитические навыки и знания, Конан тайно помогает в раскрытии уголовных дел. Он ведет двойную жизнь, посещая начальную школу и одновременно собирая информацию о таинственной организацией, ответственной за его превращение. Его основная цель - найти способ вернуть себе прежнее тело, не раскрывая своей истинной личности окружающим.