Семнадцатилетний Шиничи Кудо обладает развитыми дедуктивными способностями, за что получил прозвище "современный Шерлок". Во время возвращения домой с подругой детства Ран Мори он становится свидетелем незаконной деятельности членов преступной группировки. Преступники замечают юношу, захватывают его и принудительно дают ему принять экспериментальную таблетку. После этого Шиничи теряет сознание. Придя в себя, Кудо обнаруживает, что его тело физически уменьшилось до размеров семилетнего

Анимационный фильм состоит из двух взаимосвязанных сюжетных линий. Первая история фокусируется на персонаже по имени Мару, который путешествует по постапокалиптическому миру в сопровождении телохранителя Кируко. Их целью является поиск места, известного как «Небеса». На пути героев регулярно возникают опасные существа, создающие препятствия для выполнения их миссии. Окружающий мир хранит множество загадок и представляет постоянную угрозу для выживания. Вторая сюжетная линия разворачивается в