Чудачества любви не помеха!

Семнадцатилетний Синъити Кудо обладает развитыми аналитическими способностями, которые помогают ему в расследовании преступлений. Однажды вечером, возвращаясь домой, он становится свидетелем незаконной сделки. Преступники, заметившие Кудо, применяют к нему экспериментальный препарат, после чего он теряет сознание.

Придя в себя, Синъити обнаруживает, что его тело уменьшилось до размеров семилетнего ребенка. Чтобы скрыться от преследователей и выяснить обстоятельства произошедшего, он принимает новое имя - Конан Эдогава - и селится в доме своего друга, частного детектива Когоро Мори. Используя свой внешний вид как прикрытие, Конан продолжает расследовать различные дела, параллельно собирая информацию об организации, напавшей на него.

Основной сюжет сосредоточен на попытках Конана раскрыть деятельность преступного синдиката, ответственного за его превращение. Он сталкивается с многочисленными уголовными делами, которые помогают ему постепенно приближаться к разгадке. При этом ему приходится скрывать свою истинную личность от окружающих, включая близких людей.